研究院秉持优势互补、协同创新的原则，与国内涉海及经济管理领域的高校、地方政府职能部门建立了紧密的合作关系，共同服务国家海洋强国战略和地方海洋经济发展需求。举办海洋经济学科建设与发展学术会议、论坛20余次。

协同顶尖高校，与北京大学、国防科技大学、复旦大学、中山大学、厦门大学、郑州大学等深入合作。依托北京大学新结构经济学、复旦大学生态环境系统工程、中山大学与厦门大学海洋综合研究、郑州大学能源环境系统分析等优势，针对海洋经济理论创新、海洋政策模拟、区域海洋发展规划等方面联合攻关，共同承担国家级前沿重大课题。

以《海洋经济蓝皮书》为纽带，持续深化与中国海洋大学、广东海洋大学、浙江海洋大学、北京工业大学、上海海洋大学、辽宁师范大学、山东师范大学的合作交流，有效整合各方优势资源，初步形成覆盖海洋经济理论、应用、技术及政策的全链条研究力量。

以服务国家战略和区域经济发展为导向，与“部-省-市”三级海洋领域职能部门建立了多层级、常态化的合作机制。通过与自然资源部北海局、南海局、东海局、国家海洋减灾中心，山东省农业农村厅、山东省海洋局、山东省发改委海洋处，宁波市发展和改革委员会海洋经济发展处、潍坊市海洋发展与渔业局等单位深度联动，精准服务于海洋经济高质量发展、海洋综合管理及海洋生态保护。